Унутрашње јединице изван сектора, Секретаријата и кабинета министра
Одсек за односе Министарства са јавношћу обавља послове који сe односе на: припрему представника Министарства за наступе у јавности; преглед дневне штампе, стручних часописа и електронских медија; поступање по захтевима за слободан приступ информацијама од јавног значаја и припрему информатора о раду Министарства у складу са Законом о слободном приступу информацијама од јавног значаја; одабир и класификовање мишљења за публикацију „Билтен“; постављање садржаја на интернет страницу министарства; послове протокола у Министарству, као и друге послове из ове области; учешће у процесима који су у вези са стручним усавршавањем државних службеника у Одсеку.
Одсек за интерну ревизију обавља послове који се односе на: ревизију система; ревизију успешности пословања; финансијску ревизију и ревизију усаглашености са прописима; ревизију свих пословних процеса и организационих јединица Министарства, укључујући и ревизију претприступних ИПА фондова Европске Уније, примењујући прописе Републике Србије, Међународне стандарде интерне ревизије у јавном сектору, кодекс струковне етике интерних ревизора; учешће у процесима који су у вези са стручним усавршавањем државних службеника у Одсеку.
Одељење за сузбијање неправилности и превара у поступању са финансијским средствима Европске уније (АФКОС) обавља послове који се односе на: предузимање свих мера и активности у циљу заштите финансијских интереса Европске уније и Републике Србије; координацију правне, оперативне и техничке сарадње, као и на размену података о неправилностима и случајевима сумње на превару са надлежним институцијама Републике Србије, као и са Европском канцеларијом за борбу против превара (ОЛАФ) и са другим надлежним институцијама Европске комисије; организовање и/или спровођење административних провера пријављених неправилности и сумњи на превару; прикупљање информација за покретањe поступака од стране надлежних институција ради санкционисања неправилности и злоупотреба у поступању са финансијским средствима Европске уније, као и пружање стручне и логистичке подршке ОЛАФ-у на територији Републике Србије; идентификовање слабости у националним системима за управљање финансијским средствима Европске уније; праћење тока истрага и судских поступака у вези са случајевима сумње на превару у поступању са финансијским средствима Европске уније и извештавање ОЛАФ-а о њима; подршку раду Мреже за борбу против превара и управљање неправилностима у поступању са финансијским средствима Европске уније (АФКОС Мрежа) и размену података о неправилностима и сумњи на превару у поступању са финансијским средствима Европске уније са члановима АФКОС Мреже; управљање процесом израде националних стратегија и акционих планова за заштиту финансијских интереса Европске уније и праћење њиховог спровођења; координацију активности поводом усаглашавања националних прописа са прописима Европске уније у вези са заштитом финансијских интереса Европске уније; анализу и управљање ризицима у циљу превенције неправилности и превара у поступању са финансијским средствима Европске уније; организацију обука у циљу заштите финансијских интереса Европске уније; учествовање у релевантним преговарачким групама Републике Србије у процесу преговора о приступању Европској унији у складу са утврђеним надлежностима; учешће у процесима који су у вези са стручним усавршавањем државних службеника у Одељењу.
У Одељењу за сузбијање неправилности и превара у поступању са финансијским средствима Европске уније (АФКОС) образују се следеће уже унутрашње јединице и то:
1. Група за селекцију пријављених неправилности и управљање ризицима
2. Група за поступање по пријављеним неправилностима и сумњама на превару
3. Група за студијско-аналитичке послове